Face à la destruction de l’habitat naturel de la biodiversité à Madagascar, le département flore contribue à la recherche et à la conservation ex-situ des plantes malgaches tant vivantes que mortes.
La mission du département est axée surtout à faire connaître au grand public la richesse floristique de la Grande Île et d’aider les étudiants et les chercheurs qui travaillent sur les plantes de Madagascar.
Pour réaliser cet objectif, on expose au grand public les plantes autochtones et exotiques par le biais du jardin divisé en zones thématiques ; on collabore avec des institutions nationales et internationales ; on fait des recherches, des études et des inventaires botaniques dans les différents territoires phytogéographiques du pays afin de connaître les plantes qui existent à Madagascar et d’identifier les plantes rares et menacées ; on conserve les collections mortes de plantes à l’herbier TAN et les collections vivantes dans les jardins et la serre pépinière.
Le Département est divisé en quatre divisions :
o La division Herbier
o La division Jardin
o La division Serre-pépinière
o La division phyto-sanitaire
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